区纪委、区监委机关设置11个内设机构，主要职责为：
（一）办公室
1、负责处理委局机关日常事务，负责区纪委全委会、常委会、局长办公会议及其他重要会议、活动的筹备组织工作，负责与区纪委委员的联系；
2、汇总党风廉政建设和反腐败工作情况，组织起草委局有关文件文稿，编发通报和信息，编写委局大事记，审核以委局及办公室名义发布的公文；
3、综合分析党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究，组织协调全区纪检监察系统的调研工作和相关课题研究；
4、汇总、整理党风廉政建设和反腐败工作研究成果和信息资料，组织开展对纪检监察业务工作的调查研究；
5、负责纪检监察规范性文件的备案审查、清理工作，负责对有关科室起草的规范性文件草案提出意见；
6、督促检查上级党委、政府、纪委和区委、区政府领导批办交办事项的落实情况，以及区纪委全委会工作部署和区纪委常委会、局长办公会议决定事项及委局领导批办、交办事项的落实情况，汇总委局贯彻落实区委党建工作领导小组分工任务情况，组织协调有关区党代表提案、区人大代表建议和区政协提案答复工作，组织协调特邀监察员工作；
7、负责协调委局机关机要文件的办理和运行管理，保管、使用区纪委、区监委及办公室印章，负责制发委局机关各科室、下属事业单位印章，负责委局机关保密工作，协调纪检监察系统信息化建设和密码管理工作；
8、负责委局机关对外联络接洽、秘书和组织委局机关值班工作；
9、统筹指导归档工作，负责委局机关及文书、音像等档案管理，编缉整理有关档案材料；
10、负责委局机关后勤管理和服务工作；
11、负责委局机关及下属事业单位财务管理、国有资产管理、房管基建和安全保卫工作；
12、配合审计主管部门对委局机关财务进行审计，对机关本级专项经费和下属事业单位财务进行审计；
13、负责委局机关及派驻（出）纪检监察机构涉案款物管理工作。
（二）干部室
1、负责全区纪检监察系统干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究和制度建设；
2、负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党章以及其他党内法规、党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；
3、负责委局机关各科室及下属事业单位干部队伍建设，负责机构编制、干部人事、人员档案、工资福利、职工医疗和卫生防疫等工作；
4、负责委局机关纪律作风建设，制定相关制度，督促委局机关各科室及下属事业单位加强干部日常管理和监督；
5、会同有关科室，负责镇（街道）纪检监察组织和干部队伍建设，承办镇（街道）纪（工）委书记、副书记提名和考察等干部人事工作，牵头组织镇（街道）纪检监察组织综合考核工作；
6、会同有关科室，负责区属部门内设纪检监察机构组织建设，承办有关干部人事工作；
7、负责受理对委局机关及下属事业单位、派驻（出）纪检监察机构和镇（街道）纪检监察干部违纪违法问题的举报，负责问题线索初核及案件审查工作，提出处理建议；
8、研究制定关于加强纪检监察干部监督的规定，指导全区纪检监察系统干部监督工作，督办有关违纪违法案件的调查处理；
9、会同有关科室，承办全区纪检监察系统的表彰、奖励工作；
10、负责全区纪检监察系统干部教育培训工作，制定干部教育培训计划，做好委局机关、下属事业单位、派驻（出）纪检监察机构干部职工国（境）外考察、进修、培训等事宜；
11、负责贯彻落实有关离退休工作的方针政策、组织离退休干部开展党员活动和文化娱乐、健康休养等活动，做好离退休干部的生活服务管理工作。
（三）宣传教育室
1、负责组织协调党风廉政建设和反腐败宣传工作，组织开展相关法律法规、理论政策、形势任务、决策部署、成效经验和先进典型等宣传及舆论引导工作；
2、负责组织协调党风廉政建设和反腐败教育工作，会同有关科室开展对党员、干部的理想信念和宗旨教育、党风党纪和廉洁自律教育；
3、负责委局机关的新闻事务，承担委局新闻发布的日常工作，组织协调党风廉政建设和反腐败对外信息传播工作；
4、负责组织协调党风廉政建设和反腐败网络舆情信息收集、研判和处置工作，协调区级有关部门和重点新闻网站等做好网络宣传引导工作；
5、指导全区纪检监察系统的宣传教育、廉政文化建设和网络信息工作；
6、负责管理委局机关宣传网络信息平台。
（四）党风政风监督室（区政府纠正行业不正之风办公室）
1、负责起草委局开展党风政风监督工作的部署安排、计划措施，指导全区纪检监察系统党风政风监督工作；
2、综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查，组织协调重要专项监督检查和巡查活动；
3、综合协调、指导督办党风廉政建设责任制、党政领导干部问责规定的贯彻落实；
4、综合协调政治纪律的执行和作风效能建设规定、廉洁自律规定的落实，开展有关党风政风监督专项检查，综合协调、指导督办对违反作风建设规定问题的查处；
5、负责党风政风监督工作开展情况的统计汇总、综合分析，全面掌握区管领导干部有关问题的处理情况，开展相关政策理论研究，提出工作建议；
6、综合协调应由委局机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理，指导、督办地方和部门对相关事故、事件的调查处理；
7、履行区政府纠正行业不正之风办公室职能，监督检查承担纠正损害群众利益不正之风任务的相关部门履行职责情况，协调查处各镇（街道）、各部门在开展行风建设和纠风专项治理工作中的失职渎职行为；
8、负责落实区党风廉政建设责任制领导小组（区构建惩治和预防腐败体系领导小组）、区农村基层党风廉政建设工作联席会议领导小组办公室日常工作，组织协调落实惩防体系建设和党风廉政建设责任制检查考核工作；
9、承办立功、嘉奖、评先评优等发文前回复意见的相关工作；
10、会同有关单位开展全区党风廉政建设和反腐败工作民意调查；
11、负责全区预防腐败工作综合规划、检查指导及推进惩治和预防腐败体系构建工作；
12、协调督促落实上级巡视组交办事项。
（五）信访室（申诉复查室）
1、受理对党组织、党员和监察对象违反党纪政纪行为的检举、控告，处理群众来信、接待群众来访、接听举报来电、处理网络举报；
2、提供信访举报信息，向委局领导报告重要信访举报情况；
3、负责信访件的承办、协办、转办、督办和初查初核；
4、履行信访监督职责，对打击报复举报人的检举、控告进行核实；
5、处置信访举报中的突发情况；
6、对信访举报工作进行调查研究，指导全区纪检监察系统的信访举报工作；
7、承办党员、监察对象对委局作出的党纪政纪处分或其他处理不服，对乡（科）级党组织、政府（部门）作出的复议复查决定不服的申诉案件，及其他需要委局办理的申诉案件，处理、督办委局收到的申诉信件；
8、起草申诉复查工作的操作性细则，指导全区纪检监察机构申诉复查的相关业务工作。
（六）案件监督管理室
1、负责对区管干部和其他重要问题线索进行集中管理，配合做好区管领导干部个人有关事项的核实工作，牵头办理区管干部任职前回复意见相关工作；
2、承办线索处置和案件查办向同级党委和上级纪委报告的有关工作，协助办理委局机关使用“两规”、“两指”措施的报批和备案工作，统一受理下级纪检监察机构线索处置和案件查办等工作的报告，分送有关科室；
3、负责全区纪检监察机构案件查办相关工作的组织协调，建立跨地区跨部门协助办案机制，归口管理与有关部门的联系协调事项，负责国（境）内追逃防逃相关工作，建立健全追逃防逃区内协作机制；
4、负责对全区依纪依法安全办案情况和办案场所的安全保卫、保密工作进行监督检查，落实办案安全工作责任制；
5、督促查办区委和委局领导批办、交办案件及办理相关事项；
6、负责对查办案件及相关专项工作开展情况的汇总统计、综合分析；
7、协调有关科室建立完善查办案件的信息系统；
8、承担区委反腐败协调小组办公室的日常工作，指导全区纪检监察系统的案件监督管理工作。
（七）第一至第五纪检监察室
1、监督检查联系单位领导班子及区管干部遵守和执行党章以及其他党内法规、党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；
2、监督检查联系单位党委（党组）落实党风廉政建设主体责任、纪委落实监督责任的情况，对涉及的区管干部实施责任追究；
3、督促联系单位监督对象加强作风效能建设，监督检查各级党委关于作风效能建设规定的执行情况，调查处理严重违反有关规定的行为；
4、承办联系单位区管干部的违纪违法案件和其他比较重要和复杂案件的初核、审查并提出处理建议，承办联系单位应由委局机关参与调查事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查并提出处理建议，监督指导联系单位案件查办工作；
5、负责涉及联系单位问题线索的管理和处置工作，监督指导联系单位上报、处置问题线索；
6、协助、配合有关科室开展区管干部任职前回复意见等工作，参加联系单位领导班子民主生活会，组织协调联系单位区管干部的诫勉谈话工作；
7、综合、协调、指导联系单位的纪检监察工作，协助考察了解联系单位的纪检监察干部队伍建设情况；
8、负责各自所办案件的综合分析，指导督促案发单位剖析问题原因并加强规范化建设。
（八）案件审理室
1、审理委局直接立案调查移送和被司法机关判处刑罚，需要追究党纪政纪责任或需问责的案件，以及乡（科）级党组织、政府（部门）报批或备案的案件；
2、承担监委的行政复议和行政应诉工作，承办监委给予行政处分的解除工作；
3、承办乡（科）级党组织、政府（部门）和委局机关有关科室征求意见的案件；
4、起草案件审理、行政复议、行政应诉和解除行政处分工作的操作性细则，指导全区纪检监察系统的相关业务工作；
5、组织协调落实纪律处分决定和问责处理决定的监督检查。
（九）瓯海区纪委区监委派驻纪检监察组
派驻第一纪检监察组，派驻第二纪检监察组，派驻第三纪检监察组、区委直属机关纪检监察工委，派驻第四纪检监察组，派驻第五纪检监察组，派驻第六纪检监察组，驻区法院纪检监察、驻区检察院纪检监察组，驻区公安分局纪检监察组。